宇宙历20X5年，银河联邦的科学考察船在行星SR388上发现了一种神秘的生命体Metroid，捕获之后飞船将把样本带回银河联邦本部进行研究。然而在途中飞船遭到了宇宙海盗的袭击。为了消灭宇宙海盗，银河联邦只有请出宇宙中的最强战士萨姆丝·阿兰，受命之后萨姆丝孤身一人潜入了行星ZEBES。
游戏史上第一个以女性角色为主角的游戏